Den vakre Sydfløyen sett fra kanonstillingene ved den nedre delen av Batteriveien. Fotograf: Eirik Dahl / Visit Oslofjorden
Kjelleren i sydfløyen inneholder borgens opprinnelige hovedinngangspassaje kalt Mørkegangen. I denne passasjen finnes synlige rester etter fire befestede porter samt slisse for fallgitter. På midten av 1500-tallet ble det bygget et kirkerom som opptok hele første etasje av fløyen. Senere påbygget man fløyen én etasje for å skaffe plass til skriverstuene for administrasjonen til Akershus slottslen.
Under kong Christian IV ble etasjen ominnredet til standsmessige leiligheter for kongeparet med praktfull innredning. Sydfløyen ble igjen endret på 1740-tallet grunnet reparasjoner etter lang tids forfall. Etter restaureringen på 1900-tallet er øverste etasje i dag en stor sal kalt Christian IVs sal som fungerer som slottets mottakelsessal.